农业生产中 ，人们把市面上涉及微生物的产品笼统地称为“菌肥” ，但是其中有很大差别 。
微生物菌剂 ：包含农用微生物菌剂和有机物料腐熟剂两类产品，对有效菌要求含量高。
复合微生物肥料：是微生物和营养物质（氮、磷、钾）复合而成的产品 。
生物有机肥 ：以动植物残体进行无公害处理 ，有微生物肥料和有机肥效果的一类产品。
对于含微生物菌类的产品进行选择 ，一定要注意产品保质期，一般保质期是12个月 ，个别产品甚至有效期更短。对于过了保质期的产品有效菌的含量下降，会影响使用效果 。
活菌对紫外线十分敏感，尽量避免强光直射，同时注意土壤湿度 ，温度。生物有机菌肥一般采用穴施或者沟施，复合微生物菌肥多采用叶面喷施，冲施 。
不是所有菌剂都可以用做农家堆肥 ，需要嗜热菌，厌氧菌等才可以使用。微生物菌肥使用，菌类繁殖需要时间，因此作用效果比较慢，适合作为底肥，或者在营养大量需求前一到两周提前施入 。
一般微生物菌剂的有效菌的含量最高，适用于大量补充有效菌的情况使用。
微生物菌剂对环境要求比较严格，而肥料一般盐度相对高，因此复合的微生物肥料中的菌类一般都是具有耐盐、耐碱的菌株。不能简单拿微生物菌剂和肥料的混合。
同时一般不要把含活菌的产品和含硫的肥料，草木灰等混用 ，这样容易杀死大多数菌类。
一般菌肥不要与杀菌剂 ，杀虫剂，除草剂等产品混用 ，可能会影响效果，需要间隔一段时间使用，
例如：施用菌肥后间隔48小时才能使用除草剂；对于已经用杀菌剂拌种的情况下，也不要使用菌剂 。
“菌肥”效果好，无污染，但是其本身效果比较慢，因此在使用以前 ，一定要对“菌肥”有所了解，不能盲目乱用，否则达不到应有的效果。
