商品有机肥和粪肥同样能够补充有机质，促进团粒结构的形成。但从绿色健康可持续发展方面来讲，商品有机肥更有优势 。这是因为商品有机肥与粪肥有很多不同之处。
两种肥料的区别重点在于“腐熟”和“无害”。与商品有机肥相比 ，粪肥存在许多缺陷 ：
二是粪肥带有大量的病菌、虫卵 ，最易引发棚室内的病虫害 ；
四是粪肥内若含有害物质、重金属物质时，仅凭借高温发酵不能去除。
畜禽粪便对土壤既有有利的一面，也有不利的一面 ，两个方面在一定条件下能够相互转化。
能够作为肥料施用于农田培肥土壤;经常施用粪肥也能提高土壤抗风化和水侵蚀的能力，改变土壤的通气和耕作条件 ，增加土壤有机质和有益微生物的生长。
过度使用未经无害化处理的粪便会危害农作物、土壤、地表水和地下水水质。在某些情况下(通常是新鲜粪便)有烧苗现象;
大量使用粪便也能引起土壤中溶解盐的积累，使土壤盐分增高，植物生长受影响 。
据报道，1999年在非洲有31%的牧场因畜禽粪便污染导致土壤发生盐渍化 ，土壤肥力下降。
若是土壤出现了不良状况，使用商品有机肥改良比粪肥更加快速。这是因为商品有机肥具有洁净性和完熟性两大特点。
商品有机肥在制作过程中不仅进行高温杀菌杀虫，通过微生物完全发酵 ，并且很好地控制氧气和发酵温度，使有机物质充分分解成为直接形成团粒结构的腐殖质等 ，同时产生的氨基酸和有益代谢产物得以保留 。使用后不会产生对作物有影响的物质。
商品有机肥中的各类养分是可调整的，可以针对不同的土壤状况使用不同养分含量的产品 。
商品有机肥的品种很多，而用于制作商品有机肥的原料更多，因此在改良土壤的时候也应选择合适的商品有机肥。那么哪些原料可用于制造商品有机肥呢？
二是农业作物或废弃物，如绿肥 、作物秸秆、豆粕、棉粕、食用菌菌渣 。
四是工业废弃物，如酒糟 、醋糟 、木薯渣、糖渣 、味精发酵氨基酸尾液 。经过无害化处理以后，这些原料生产的商品有机肥都可以用于土壤改良生产。
而商品有机肥根据功能不同又分为很多种类 ，在补充有机质的基础上添加大中微量元素、甲壳素、生物菌等等不同的功能物质，使得商品有机肥的效果又大大提升。
甲壳素的功能很多，很多农民也学会了使用甲壳素来生根养根，同时对于有根结线虫的土壤，可使用甲壳素与阿维菌素配合防治 。
在有机肥中添加了甲壳素，在改良土壤的同时可利用甲壳素抑制霉菌等有害菌的滋生 ，提高放线菌等有益菌数量的特点减少土传病害的发生。
当蔬菜定植后，甲壳素养根护根的作用也可充分发挥出来 。真正达到改土防病养根护根的效果。
生物菌与有机肥配合使用 ，能更快更好地改良土壤，主要有两大特点：
一是富含有益微生物菌群，环境适应性强，易发挥出种群优势。
二是富含生理活性物质，如吲哚乙酸、赤霉素 、多种维生素以及氨基酸、核酸、生长素等 。
虽然说商品有机肥与粪肥同样能够改良土壤，但使用方法是不一样的。记者在采访时了解到，有些农户使用商品有机肥后感觉不如粪肥有效果，这是因为使用的方法没有改变造成的 。在这里提醒大家，使用商品有机肥时要做好以下三点：
有些农户感觉商品有机肥价格较贵，不如粪肥用量大 。但在改良土壤时需要补充足够的有机质才能起到一定的效果 。因商品有机肥已经过无害化处理，不会像粪肥那样产生烧根熏苗的情况。因此，使用商品有机肥时要使用足够的数量。
很多农户的有机肥使用方式是穴施或沟施，需要注意的是要与植株根系保持一定的距离。比如在两行作物的中间沟施 ，也可在两棵植株间穴施。
商品有机肥的主要作用是改良土壤 ，维护土壤生态 。里面含有的大中微量元素毕竟有限。在高收入经济作物使用时一定要与其他类型的肥料配合使用。如与生物菌肥、大量元素水溶肥等等。
